本发明公开了一种病毒基因识别方法，包括：获取待测样本的宏基因组；获取预处理的宏基因组的k‑mer频度向量；构建三元组并输入到第一三元组网络进行训练，训练后的第一三元组网络使病毒与细菌的特征向量距离增大；将宏基因组的k‑mer频度向量输入训练好的第一三元组网络，从中识别出病毒序列。本发明还公开了一种宿主预测的方法，包括：获取病毒序列；获取病毒序列的k‑mer频度向量；构建三元组并输入到第二三元组网络进行训练，训练后的第二三元组网络使病毒与宿主细菌的特征向量距离减小，病毒与非宿主细菌的特征向量距离增大；将病毒序列的k‑mer频度向量输入第二三元组网络，从而匹配出病毒可能的宿主细菌。