本发明提供一种数据传输方法、系统及计算机可读存储介质，方法应用于数据传输系统，系统包括主机设备、待传输设备和传输发起设备，待传输设备和传输发起设备均为PCIe设备，其中，主机设备可持有包含待传输设备的设备信息的初始配置表，并将该表发送至传输发起设备进行选择和完善；传输发起设备则会根据自身需求，在目标设备的初始配置表中填写建立传输的必要信息，并将得到的完整配置表返回给主机设备；主机设备进而会利用完整信息表对目标设备进行配置，并在完成配置后向传输发起设备返回完整信息表，以使传输发起设备自主地与目标设备进行PCIe点对点传输；可由主机设备帮助传输发起设备配置目标设备，以确保PCIe设备可实现设备间自主的点对点传输。