本发明涉及一种基于蛋白的磁性琼脂糖多孔微球及其制备方法，属于琼脂糖微球技术领域。本发明所述的制备方法，包括以下步骤，先将硅羟基改性的磁性纳米粒子、琼脂糖、油相材料和乳化剂混匀，60‑70℃搅拌反应15‑25min，得到磁性琼脂糖微球；后在碱性条件下，所述的磁性琼脂糖微球中加入交联剂、环氧活化剂，45‑55℃反应6‑18h，得到活化的磁性琼脂糖微球；最后在碱性条件下，向所述的活化的磁性琼脂糖微球中加入蛋白A，1‑10℃反应20‑28h，得到所述基于蛋白的磁性琼脂糖微球。本发明所述的磁性琼脂糖多孔微球具有耐碱性，其耐碱范围pH为10‑14可以使得琼脂糖微球保持化学稳定性，并且结合免疫球蛋白的IgG的能力最大可达60mg/mL。