本发明公开了船载海洋垃圾处理系统和处理方法，涉及到海洋垃圾清理领域，包括船体侧壁安装板，所述船体侧壁安装板的右侧设有防水安装箱，所述防水安装箱的箱底与所述船体侧壁安装板的侧部连接，所述防水安装箱的箱口安装有密封安装箱，所述密封安装箱的内底壁开设有通孔，所述通孔的内壁滑动连接有运动连接板。本发明通过设置格挡安装箱，对海水打捞的垃圾进行阻挡，便于与倾斜过滤板配合排除垃圾中的水分，通过设置海洋垃圾收集机构，将去除海水的垃圾按压至垃圾收集箱内进行收集处理，便于调节垃圾收集箱所在的高度，借由上述结构，实现船舶行驶时对海面垃圾的自动清理，不耽误航行完成清理作业，使得海洋垃圾得到及时的清理。