本发明提出了基于测序数据的病原微生物检测方法及系统，属于生物检测技术技术领域，解决了目前检测软件检测效率的问题，包括：唯一的kmer的生成步骤：生成参考基因的唯一的kmer；质量控制步骤：重新划分生产者消费者模型的任务分配，对测序数据进行预处理和质量控制，获得测序数据文件；微生物检测步骤：以生成的唯一的kmer文件以及经过质量控制之后的测序数据文件作为输入文件，进行病原微生物检测过程。本发明采用了一种节省内存的编码方式和通过将中间结果存储在硬盘中的方案来解决生成唯一的kmer过程中内存占用量过大的问题。