本发明公开了一种基于剩余空域的航路网络重构方法，包括：构建航路网络模型，基于航路网络模型形成规格化的航路网络结构数据，实现航路网络要素间网络拓扑关系的数字化表达，评估外界扰动对航路网络的影响，确定航路网络受扰后的剩余空域，基于剩余空域对航路网进行调整重构，形成重构方案，基于航路网运输能力评价方法对重构方案进行评估，迭代优化，形成优化方案。本发明对航路网络从基础航路网络、城市对航路网络和航班运行航路网络三个层面建模，对航路网络要素间关系全面描述，对航路网受扰影响准确分析，对扰动影响下的航路网多角度重构，航路网络重构效果可量化评估，可应用于战略级航路网规划和预战术和战术级航路网动态重构。