本发明涉及潮位观测技术领域，特别涉及一种顾及平均效应的GNSS海潮负荷位移的预测方法，包括如下步骤：数据观测与采集，建立调和‑设计算法的模型，将调和‑设计算法的模型进行线性化处理，即将分潮调和常数的表达式转化为正弦分量与余弦分量的表达式；然后根据每个观测时刻的海潮平均位移求解调和常数，最后利用计算后的调和常数进行海潮负荷位移的估算。本发明所公开的方法将时间间隔按短时固定间隔进行划分，减弱因时间间隔平均而产生的误差，提高了海潮负荷位移计算精度。