本发明公开了一种立体仓库堆垛加工方法，属于仓库管理技术领域，管理终端下发出库任务、下发返库任务和下发加工任务；仓库控制终端对出库任务分解形成多个出库子动作；仓库控制终端对返库任务分解形成多个返库子动作；仓库控制终端根据出库子动作驱动堆垛设备执行出库任务；机台工控终端根据加工任务中的机器执行码驱动加工工位执行加工任务；仓库控制终端根据返库子动作驱动堆垛设备执行返库任务；还公开了一种立体仓库堆垛加工系统，包括任务建立下发模块、任务分解模块、出库模块、加工模块和返库模块。所述立体仓库堆垛加工方法及系统，解决了享有的立体仓库无法通过工业现场的计算机实现从生成下发任务到材料加工完成的整个流程的问题。