本发明涉及电子式互感器校验仪溯源不确定度的黑箱评定方法及系统，其方法包括：确定电子式互感器校验仪溯源测量系统的多个不确定度分量，并根据其构建评定电子式互感器校验仪溯源不确定度的黑箱模型；计算所述黑箱模型中每个不确定度分量的概率密度函数；基于所述黑箱模型和多个不确定度分量的概率密度函数，用GUM法评定电子式互感器校验仪溯源系统的不确定度。本发明通过黑箱模型与最大熵相结合的方式评定不确定度，一方面能有效回避电子式互感器校验仪溯源误差源之间的相关性和传递规律的复杂性，另一方面能避免分布假设带来的误差。