本发明实施例提供一种MCM电子式互感器校验仪溯源不确定度评定方法及系统，方法包括：构建电子式互感器校验仪微差法溯源测量系统，确定及分析各量值指标引入的不确定度评定分量，建立比值差和相位差的测量模型。采用动态调整步长的果蝇改进优化算法，确定各不确定度评定分量的最优抽样次数。以各不确定度评定分量的统计分布特性为依据，通过抽样，统计各不确定度评定分量对应PDF的样本直方图，进而计算电子式互感器校验仪微差法溯源测量系统的标准不确定度和扩展不确定度。本发明通过动态调整步长的果蝇改进优化算法，寻找MCM不确定度评定中的最优抽样次数，提高了电子式互感器校验仪溯源不确定度评定的自适应性，进而提高评定的实时性。