本发明涉及一种电子式互感器校验仪数字微差溯源系统及方法，溯源系统包括：功率源、多路信号转换模块、数字微差输入模块和最优报文选择模块；多路信号转换模块包括n个通道的信号转换模块；采用了普通功率源作为电压输出源，降低对硬件的要求，提高对数字微差算法的要求；提出了基于希尔伯特‑黄变换的数字微差算法，实现了数字微差的高精度添加，降低了对功率源的性能要求；针对数字微差算法带来的系统随机误差，采用多通道选择最优标准信号输出，降低系统随机误差，提高溯源的可靠度；根据叠加的标准微差与电子式互感器校验仪示值误差的差值表示电子式互感器校验仪的误差，从而实现其溯源。