本发明提出一种啤酒酵母高代数使用的评估方法及其应用，属于啤酒酵母性能评估领域，能够解决现有技术并未将转录组测序合理地应用于不同啤酒酵母高代数应用能力评估上，进而无法实现啤酒酵母高代数应用能力准确评价的技术问题。该技术方案包括：不同啤酒酵母经转录组测序获得转录组原始数据，转录组原始数据再经修剪、序列比对及基因表达差异分析后选出表达差异显著基因，表达差异显著基因经富集分析后获得基因组稳定性相关基因家族Q值，根据Q值大小评估啤酒酵母高代数应用能力，并进行发酵试验验证。本发明能够应用于啤酒酵母性能评估方面。