本申请提供了一种保护隐私的联合数据分析方法、装置及存储介质。所述方法包括：基于多方安全计算协议，确定第一方持有的第一数据分片序列与第二方持有的第二数据分片序列；基于第一数据分片序列、第一方提供的第一数据标识序列、第二方提供的第二数据标识序列以及预设处理规则，得到分析数据分片序列；根据所述分析数据分片序列中各第一分片元素在所述第一数据分片序列的位置，确定所述第二数据分片序列中相同位置的第二分片元素；根据所述分析数据分片序列和所述各个相同位置对应的第二分片元素，恢复并输出所述第二方所需的含有数据标识的分析数据。本申请在保护第一方和第二方的隐私数据的情况下，进行数据分析。