本发明提供了一种基于迁移学习机制的流域超标准洪水模拟发生器构建方法，包括以下步骤：提取流域干支流主要控制水文站，依据水流关系构建多个水文站的拓扑结构；所述拓扑结构包括多层级的节点；明确各节点的主要作用为基流或者非基流，该层级所有节点以外的区域视为无控区间；获取最高层级的节点以典型年为基础的超标准洪水模拟过程；按照拓扑结构的层级依次计算各层级每个节点的超标准洪水模拟过程集合。本发明考虑了流域多站点洪水时空关联性强特征，克服了纯随机模拟造成的结果失真问题，适用于防洪减灾管理的洪水数据处理，能为流域重大洪灾管理提供丰富的洪水数据。