本发明公开了一种具有隔震结构的双层地铁车站及其施工方法，该双层地铁车站中柱、纵梁、中板、顶板均为预制件，且所述中柱、纵梁、中板、顶板的衔接处，以及中板、顶板和挡墙的衔接处，均通过隔震结构柔性连接。所述隔震结构包括铅芯橡胶隔震支座、橡胶隔震环和橡胶保护垫，其分别设置在中柱、纵梁、中板、顶板的衔接处，以及中板、顶板和挡墙的衔接处，充分发挥自身的延展性，地震作用下通过拉伸、压缩等变形过程吸收和消耗部分冲击波能量，实现隔震效果。且在震后，本发明地铁车站也可通过对其内部损坏构件更换或加固，短时间内复通地铁线路，极大的减轻地震等类似灾害造成的经济损失，具有重要的经济及实用价值与意义。