本发明涉及一种NAS文件系统的备份方法、系统及存储介质，属于文件系统备份领域。所述方法包括：挂载步骤；目录及文件元数据获取步骤；文件目录树构建步骤；文件哈希树构建步骤；增量文件获取步骤。所述系统包括：挂载模块；目录及文件元数据获取模块；文件目录树构建模块；文件哈希树构建模块；增量文件获取模块。本发明通过对NAS文件系统进行深度优先遍历，构造文件目录树，并基于文件目录树构造文件哈希树，然后逐级比较本次备份构建的文件哈希树和上次备份构建的文件哈希树，快速定位含有增量文件的结点，获取两次备份时间点之间的增量文件，实现了NAS文件系统的高效备份。