本发明实施例公开了一种基于图像传感器的医疗数据处理方法及其系统，方法包括：获取第一医疗端发送的挂号信息，并从中提取出科室标识；将科室标识发送至图像传感器；获取图像传感器发送的第一医疗数据，对其进行解析，得到患者信息、医疗检测报告及科室标识；根据科室标识对医疗检测报告进行分类存储。实施本发明实施例，从挂号信息中提取科室标识，可将其与图像传感器采集的医疗检测报告进行绑定生成第一医疗数据，解析该医疗数据得到科室标识和医疗检测报告，并根据科室标识分类存储医疗检测报告；采用这样的处理方式，可以按科室分类存储医疗检测报告，方便后续进行数据查询工作，也为各科室进行报告分析、病例研究等提供了便利。