本公开提供了一种医疗数据处理方法、装置及存储介质，涉及数据处理技术领域。该方法包括：获取病历数据，并执行目标过程以获得疾病分析向量，目标过程包括：生成病历数据的病历语义向量；对于预设疾病集合中的每个预设疾病，根据病例语义向量，确定病历数据因预设疾病产生的第一可能性权重，以获得第一权重向量；根据病历数据中的各病历症状和各病历疾病，从预设知识图谱中确定可能产生病历数据的候选疾病，其中，预设知识图谱中包括与预设疾病相关的实体和关系，候选疾病属于预设疾病集合；确定病历数据因候选疾病产生的第二可能性权重，以获得第二权重向量；将第一权重向量与第二权重向量融合，得到病历数据对应的疾病分析向量。