本发明公开了一种适用于加氢站系统的气体自动置换方法及装置，该方法包括接收气体置换指令，确定气体置换指令对应的目标置换气体；基于理想气体状态方程表征目标置换气体的置换气体质量，基于达西公式表征目标置换气体在置换过程中的气体质量流量，并根据气体质量流量表征置换出口气体质量；基于置换气体质量、气体质量流量和置换出口气体质量表征目标置换气体的置换时长，并基于加氢站系统的结构参数信息确定目标置换时长。本发明通过对目标置换时长进行计算来控制加氢站系统的气体置换过程，减少加氢站工作人员的误操作风险，提高气体置换效率和气体置换准确性的同时，避免了安全事故，提高安全性，同时减少氢气、氮气用量，提高置换经济性。