本实用新型公开了一种微区激光打标装置，包括：激光打标座；所述激光打标座顶部嵌设有微位移平台，所述微位移平台上设置有载网；所述激光打标座顶部位于所述微位移平台两侧对称设置有固定侧架，且两个所述固定侧架之间垂直固定有激光笔；所述激光打标座上位于两个所述固定侧架的外侧还设置有辅助观看所述载网使用的显微观察机构。本实用新型中，通过激光笔配合微位移平台搭载载网进行激光打标，实现在载网或其他物品上进行微米级尺寸的标记点的制作，来进行样品位置的标记和寻回，实现在微区分析仪器(如电镜、原子力显微镜)中特定微区位置的可回溯与可重复测试，为提高微区仪器的工作效率及数据的可信度提供了技术支撑。