本实用新型涉及一种用于摩托车发动机的散热结构，包括水平相对且竖向设置的进水水箱和出水水箱，以及水平并列排布并连通进水水箱和出水水箱之间的多个扁管，进水水箱、出水水箱和扁管整体构成矩形体结构的散热器主体，散热器主体后侧表面上设置有吸风风机；扁管的内管壁均设置有纳米抗菌防护涂层。本实用新型所提供的用于摩托车发动机的散热结构，通过在扁管的内管壁均设置有纳米抗菌防护涂层，能够有效减缓或避免碳酸钙，微生物、悬浮物等的聚集和附着，或者便于快速对该扁管的内管壁进行清洗保持其内管壁的清洁状态；即避免散热器主体中扁管发生阻塞，进而有效保证冷却水在扁管中的流通量，进而提高该散热结构的冷却散热效率。