本实用新型公开了一种莲子保鲜加工系统，包括分拣机、双层输送机、清洗设备、水预冷设备、机器人、真空冷却设备、多头秤、分盒机和气调包装机，分拣机的出料端与双层输送机的进料端连接，双层输送机的出料端与清洗设备的进料端连接，清洗设备的出料端与水预冷设备的进料端连接；机器人用于将经过水预冷设备冷却的莲子放入真空冷却设备中，并将经过真空冷却设备冷却的莲子加入多头秤中；多头秤的出料端与分盒机连接，分盒机与气调包装机连接。达到的技术效果为：提供了一整套的莲子处理设备，能够完成莲子的筛选、清洗、冷却、称量和密封保鲜包装，从而便于莲子的保鲜，延长莲子可存储时间，保障新鲜莲子的食用口感。