一种高蒜素蒜粉微胶囊的制备方法，属于大蒜的深加工和蒜粉的微胶囊化技术领域。本发明采用微波真空干燥与真空干燥联合干燥法制备高蒜素含量的蒜粉，再采用空气悬浮成膜法制备高蒜素含量的蒜粉微胶囊。本发明制得的蒜粉微胶囊的硫代亚磺酸酯保留率达90.2％、品质接近冷冻干燥大蒜的产品。该蒜粉微胶囊在避光条件和光照条件下贮存10个月后，硫代亚磺酸酯芯材保留率仍在95％以上。本发明制备的高蒜素蒜粉微胶囊具有较强的抗肿瘤作用，明显的降血脂效果，可作为一种抗肿瘤、抗疲劳以及预防和治疗高血脂症、动脉硬化的保健品、膳食补充剂或药品，具有很大的应用前景。