本发明公开了一种处理改性大豆蛋白的方法，该方法包括：(1)分散：将改性大豆蛋白加入20℃～50℃中进行剪切，使蛋白分散均匀；(2)升温：在保持剪切头运转的情况下，将分散好的蛋白液温度升到70～100℃；(3)保温：在保持剪切头运转的情况下，保温10～30分钟。通过该方法处理改性大豆蛋白后将其向婴幼儿食品中添加而不会发生改性大豆蛋白出现凝结现象，可以将改性大豆蛋白广泛应用于婴幼儿食品中，例如生产婴幼儿配方奶粉和配方米粉，使所得婴幼儿食品营养更全面均衡，降低婴幼儿的致敏率并改善其乳糖耐受情况。