本发明涉及一种大豆低聚肽在食品中的应用方法，长期食用后能够有助于维持健康的肠道微生物群落，增强免疫力，将其应用于食品中，既保持了食品的营养，也大大丰富了食品的保健功能，适合于大众人群。本发明包括以下操作步骤：将大豆低聚肽用溶剂充分溶解后添加到食品配料中混合均匀或直接添加到食品配料中混合均匀。食品包括乳制品、奶粉、糖果、饮料、口服液、片剂、冲剂、胶囊。溶剂可以是水或液态食品原料，溶剂的pH2－10。用水或液态食品原料将大豆低聚肽充分溶解后添加到食品配料中混合均匀，将混合好的浆料经90℃以上灭菌后冷却。大豆低聚肽是以大豆为原料或其它原料所提取的。大豆低聚肽的添加量为每100g食品配料中添加0.1g以上。