具有表面增强拉曼光谱活性基底的微流控芯片及制备方法，涉及一种微流控芯片，提供一种在部分或全部具有SERS活性基底的粗糙金属薄膜的微流控芯片及制备方法。在微流控芯片上设有至少一条微通道，在微通道的全部或部分内壁表面有一层具有SERS活性的粗糙金属薄膜。制备时在玻璃或高分子材料薄片上加工凹槽；在凹槽的全部或部分区域，通过物理蒸发、溅射或化学沉积的方法结合掩膜技术制备币族金属薄膜；通过化学法或电化学的方法将币族金属薄膜粗糙化；将带凹槽的薄片与带孔洞的薄片进行热键合或等离子体活化键合即得到具有完整密闭微沟道的微流控芯片。所需设备简单，操作简便，所制备的SERS活性基底活性高，能得到很强的拉曼信号。