本发明揭示一种主机板测试程序处理系统及方法，用于供主机板测试系统自动处理测试程序，该主机板测试程序处理系统包括一服务器，用以存储测试程序，且通过网络连接至少一电脑，该电脑至少包括储存装置及处理装置，该储存装置用以储存从服务器下载的测试程序，而该处理装置用以运行该测试程序并对主机板进行检测，该主机板放置于测试机台上，该测试机台与该电脑连接，并且该处理系统还包括一识别装置，该识别装置与电脑连接，用以识别该主机板的型号与测试站点的代码，从而令该电脑从服务器上下载与该主机板与测试站点对应的测试程序，以便于集中储存测试程序，因此不需要维护单个电脑上的测试程序，并保持主机板型号与测试程序的一致性。