本实用新型涉及一种过氧化氢等离子体和环氧乙烷两用低温灭菌系统，其包括灭菌舱。该灭菌舱通过通气管路与真空产生装置、过氧化氢等离子体产生装置、进气装置和残余气体处理装置连接。其中该进气装置和残余气体处理装置分别通过第一、二气流控制装置与该灭菌舱连接，且该第一气流控制装置和该第二气流控制装置通过通气管路与温度控制装置连接。该真空产生装置、该过氧化氢等离子体产生装置、该第一、二气流控制装置还与切换控制装置连接，来进行过氧化氢等离子体和环氧乙烷低温灭菌之间的切换。借此，既可通过过氧化氢等离子体来进行低温灭菌，也可通过环氧乙烷低温灭菌，从而一机两用，以降低低温灭菌系统硬件成本、减小占地面积。