本实用新型专利涉及在可编程集成电路中实现输入输出数据与配置数据分离的通信控制器。为实现可重构指令计算机的用户数据和配置数据的混合存储问题，实现可重构指令计算机的程序存储，实现用户数据检索，在线编译程序，实时下载等问题。可重构指令处理器由配置电路接口、用户数据输入接口、用户数据输出电路接口、硬盘接口、非易失性存储器接口、网络接口通过通信控制器连接。通过对读取的数据字增加标志或通过不同的存储地址来分离配置数据或用户数据，从而实现了程序存储，用户数据检索，在线编译程序，实时下载。可广泛应用在PC机、普适计算、嵌入式处理器、通信处理器、网络处理机尤其是网格计算的处理器。