本实用新型涉及荧光检测装置，特别是一种折光补偿—微流动分析系统荧光检测池，包括检测池主体，于检测池主体的中心部位设置有密封的空腔，空腔内填充有折光补偿液体；一透明毛细管横向穿置于空腔中，其二端沿伸出检测池主体的外部，形成毛细管通道；二条相互垂直的光纤插入空腔中、且它们处于与毛细管通道相垂直的平面内，其中一条光纤作为激发光路，另一条光纤作为荧光收集光路；所述激发光路、荧光收集光路毛细管通道三者的中心线相互垂直共扼交叉自然对准。本实用新型具有光学背景低、柱外效应小、使用方便等优点。