本实用新型公开的基于底部扫描检测的荧光定量PCR检测系统，包括自上而下依次装置成一整体的可插放若干试管的变温金属模块，半导体制冷器和散热器件，其特征是变温金属模块的试管插孔为贯通变温金属模块、半导体制冷器和散热器件的通孔，散热器件为热管散热器，热管延伸至整体结构外侧，延伸端连接散热翅片，光电检测器位于整体结构散热器件的底部，由电机驱动扫描，从试管的底部检测试剂荧光。采用本实用新型有利于提高激发光效率，获得更高的荧光灵敏度和荧光信号强度，提高稳定性。使得检测结果更准确，可以实现变温金属模块的快速升降温和精密温度控制，并大大延长变温金属模块的使用寿命。