本发明公开了一种结合地理特征的行进异常判断系统及方法。其系统包括识别场景及计算位移和高度变化值模块、判断行进异常模块、在地图中显示行进异常模块。判断行进异常模块包括对行进的位移异常或高度变化异常或位置动态变化异常进行判断。根据不同场景的特点设置不同的位移阈值L、高度变化阈值H。通过计算位移和高度变化值与当前位置所在场景的L和H的大小关系判断是否发生异常；通过N个连续时刻的位置数据计算最大行进半径r，判断位置动态变化是否出现异常。本发明的方法及系统解决了现有导航没有与地理特征相结合并且不能对人员或车辆的行进是否异常进行判断的问题。