本发明公开了一种采用果蝇优化算法识别关键蛋白质的方法，将蛋白质相互作用网络转化为无向图、构建动态蛋白质相互作用网络、对动态蛋白质相互作用网络边和结点预处理、随机初始化果蝇种群的位置、利用嗅觉搜寻食物随机方向和距离、计算果蝇个体味道浓度判定值、计算果蝇个体的气味浓度值、找出当前种群中最高气味浓度值、利用视觉向食物飞去、产生关键蛋白质。本发明能准确地识别关键蛋白质；仿真实验结果表明本发明在敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值、精确率和召回率调和值、精确值等指标性能都表现良好；跟其他识别关键蛋白质的方法相对，本发明采用果蝇优化算法识别关键蛋白质的方法具有一定的优势。