本发明公开了一种永磁直线同步电机双时间尺度滑模控制系统及方法，属于直线电机控制领域。首先建立永磁直线同步电机在两相旋转正交坐标系中的数学模型；其次，将其建立为永磁直线同步电机双时间尺度模型；然后，为了提高系统对外部扰动的鲁棒性，采用准滑动模态方法和趋近律方法分别设计快、慢子系统对应的滑模控制律，然后将两个子系统的时标统一，合成得到永磁直线同步电动机的组合控制律。最后，应用李雅普诺夫稳定性理论分析了系统的稳定性。本发明最重要的特征是设计的双时间尺度滑模控制器使永磁直线同步电机被控系统具有更好的静态性能和良好快速的动态性能，而且使系统对外部扰动具有很强的鲁棒性。