本发明公开了一种基于深度语义分割的真菌显微图像分割检测方法及系统，所述方法包括：采集N幅真菌显微图像，剔除在所述N幅真菌显微图像中整幅全是黑色背景的图像得到剩余图像，并标注出所述剩余图像中的阳性区域得到标注图像；依据所述标注图像的信息对所述剩余图像和所述标注图像进行切片，生成所需的训练数据集；以残差网络和空洞卷积模块为网络的主体骨架构建深度卷积神经网络模型，读取所述训练数据集训练生成用于分割检测的目标模型，以使用所述目标模型对待检测真菌显微图像进行识别得到所述待检测真菌显微图像的真菌致病相的分割结果。通过本发明能够将致病相的菌丝结构从图像中分割并精准定位。