本发明公开一种基于小波变换的多聚焦显微图像融合方法，所述方法包括以下步骤：首先将图像从RGB颜色空间转换到YIQ颜色空间下，再利用小波变换对于两幅或多幅待融合的图像在合适的分解层数和小波基函数下进行多尺度分解，根据Y分量与I,Q分量的特性不同以及低频系数与高频系数的特征不同，选用合适的融合方法分别对低频和高频系数进行系数的选择，得到一个融合矩阵，然后进行小波逆变换的重构，得到最终的融合图像。该方法基于现有的小波变换法的基础上，分析选取了小波变换参数，即最佳分解层数和最佳小波基，并提出适用大多显微图片种类的融合方法，同时该法经过适当修改也适用于非显微图像的融合。