本发明公开了一种高拉普拉斯正则化低秩表示的多模态数据分析方法及系统，属于多模态数据分析领域，要解决的技术问题为如何捕获多模态数据的全局线性结构以及非线性几何结构；其方法包括：对多模态数据进行数据处理，得到多个数据矩阵；将低秩表示和拉普拉斯正则化项相结合构建非负稀疏超拉普拉斯正则化低秩表示模型，通过非负稀疏超拉普拉斯正则化低秩表示模型对每个数据矩阵进行学习，得到高拉普拉斯低秩子空间；以高拉普拉斯低秩子空间和支持向量机为基础进行学习，得到多个分类器；对多个分类器进行投票，得到最终分类器。其结构包括数据处理模块、数据分析模块、分类模块和投票模块。该方法可捕获多模态数据的全局线性结构及非线性几何结构。