本申请涉及一种厨余废弃物好氧堆肥的微生物宏基因分析系统及方法，属于生物信息学技术领域，该系统包括：浏览器获取目标生物标签、目标引物序列和目标高通量测序数据；服务器根据目标生物标签和目标引物序列对所述目标高通量测序数据进行拆分，得到至少一组生物序列；通过至少两种生物信息分析工具对至少一组生物序列进行分析，得到至少两个分析结果；通过粘连程序粘连至少两个分析结果，得到生物分类报告；通过多变量数学分析对生物分类报告进行关键微生物物种分析，得到分析结果；将分析结果发送至浏览器显示；可以提高微生物宏基因的分析效率，降低分析难度。