本发明提供了一种自动并行化敲除策略序列重复性分析方法及其系统。其中，所述方法包括：根据预设片段长度，对每个敲除策略对应的敲除策略数据信息进行划分，得到所述敲除策略数据信息中的连续的子片段；并且，将包含重复单元的所述连续的子片段作为重复序列；根据所述重复序列，确定所述敲除策略对应的序列重复度，以便于利用所述序列重复度进行序列重复性分析。本发明实现了对于基因序列的不同的敲除策略对应的目标序列区中的重复序列的确定，进而提供了对于基于重复序列的不同敲除策略的打分优选的评价途径；提高了对于基因碱基序列的敲除策略的分析评价效率，减少了分析时间。