本发明提出一种基于组态化测试序列的有效载荷测试方法，包括：步骤1)读取有效载荷设计指令信息，以分层指令树形式对设计指令信息进行管理，提供指令信息的快速检索与定位；步骤2)从所述分层指令树中选取指令进行测试序列指令的添加，对添加的指令进行图形化编辑，生成有效载荷测试序列；步骤3)检测所述有效载荷测试序列与载荷设计指令信息的一致性；步骤4)一致性检测通过后，执行所述有效载荷测试序列，在测试序列执行过程中生成指令发送记录和执行日志列表，形成测试覆盖性分析报告、测试序列执行报告。本发明能够有效避免由于人工疏漏造成测试序列错误，提高测试效率，提供的分析报告，为有效载荷用户掌握设备技术状态提供客观依据。