本发明涉及一种蓝莓花色苷‑壳寡糖复合物及其制备方法和应用，属于食品加工领域。一种蓝莓花色苷‑壳寡糖复合物的制备方法，包括如下工艺步骤：将蓝莓花色苷溶液与壳寡糖溶液混合均匀后得混合溶液，向混合溶液中加入戊二醛，反应，得蓝莓花色苷‑壳寡糖复合物溶液，干燥，得蓝莓花色苷‑壳寡糖复合物固体粉末。本发明所述方法将天然水果蓝莓中提取的蓝莓花色苷与动物性副产物虾蟹壳酶解产物壳寡糖有效复合，此复合物无毒、无味，同时具有抗肿瘤作用，可作为一种天然抗肿瘤复合物用于功能性食品并在医学领域中具有潜在的研究价值。