本发明提供一种并行光学相干层析成像设备自动对焦系统和方法，包括有光源产生光；将光分解为采样光和参考光，采样光照射待测样品后返回第一回光，参考光照射参考镜面后返回第二回光；将第一回光和第二回光合束成第一合成光，检测获得第一合成光的光学相干层析信号强度峰值；将参考镜面共轭至待测样品表面作为参考成像面；将样品臂焦平面定位在参考成像面上，根据光学相干层析信号强度峰值确定样品臂焦平面，完成自动对焦。本发明基于并行光学相干层析成像设备本身作为多通道的弱相位时域光学干涉系统，利用系统本身的自检测量能力，无需额外对焦模块，以微米以下的重复精度实现显微物镜的焦面、参考臂镜面同时对准折射材料下表面的快速对焦过程。