本发明提供一种用于X射线仪器元素扫描的植物样品处理方法，包括如下步骤：将所述鲜植物样品置于固定基质中包埋，得到包埋样品，将包埋样品切片得到切片样品，用X射线仪器对切片样品进行元素扫描。利用X射线对植物体内元素进行定位并绘制元素分布图是目前新兴的一种研究植物体内元素转运与储存的有效方法，本发明提供了时间周期短、操作简单、对鲜植物样品处理要求低、切片厚度可控，细胞形态不变形、元素不扩散不移位、费用低廉、对实验者身体无伤害且环保无污染的用于X射线仪器元素扫描的植物鲜样品的切片、保存方法，有效解决了鲜样扫描失水变形的难题。