本发明属于生物信息学领域，公开了一种基于高通量测序数据的溶源性噬菌体预测方法，通过将原始测序数据和拼接后的细菌基因组数据相结合，先设计了质控过滤流水线对原始测序数据进行质控和过滤，再在拼接后的细菌基因组基因片段上根据类噬菌体基因聚类簇预测出粗略前噬菌体范围，接着在粗略范围上根据整合位点搜索出精确前噬菌体候选对象，最后从原始测序数据中挖掘环化信息，验证前噬菌体功能性并基于一致性延伸算法提取出对应的溶原性噬菌体全序。本发明实现了对细菌基因组中的溶源性噬菌体的有效预测，具有十分重要的推广应用价值。