本发明公开了一种栀子苷和栀子黄色素的制备方法，步骤是：⑴干栀子粉加水加热提取、用锌盐在微酸性沉淀去杂，得栀子的水提取液；⑵经第一次纳滤处理、调节pH去杂和第二次纳滤处理，干燥得栀子提取物干粉；⑶用丙酮脱除脂溶性成分，得栀子提取物粗品；⑷栀子提取物粗品用异丙醇低温提取栀子苷，得异丙醇提取液和栀子黄色素粗品，异丙醇提取液经浓缩和干燥后，得栀子苷产品；⑸用无水乙醇提取栀子黄色素粗品中的栀子黄色素、浓缩和干燥，得栀子黄色素产品。该方法成本低，去杂充分，提取率高，产品纯度高，环保性好。