本发明公开了一种栀子果胶、栀子苷和藏红花素的制备方法，步骤是：⑴栀子的水提取液经氢氧化钙处理，沉淀去杂；⑵调节pH至4～5和去杂，得微酸性沉淀和微酸性上清液；⑶洗涤沉淀与调节pH至4～5，得果胶钙粗品沉淀物和微酸性洗涤液；⑷将果胶钙粗品沉淀物经乙醇酸化脱钙和去杂、调节pH去杂、酸化醇沉、洗涤和干燥，即得栀子果胶产品；⑸合并上述微酸性上清液与洗涤液纳滤去杂与干燥，得净化固体；⑹以无水乙醇提取净化固体中的栀子苷并浓缩至干，即得栀子苷产品；⑺用含水乙醇提取净化固体中的藏红花素并浓缩至干，即得藏红花素产品。该方法成本低、产品纯度高、环保性好、能耗低、提取利用率高。