本公开公开了基于梯度光流法的深海浮游生物检测方法及系统，包括：获取在深海采集的视频；计算视频中每一帧图像的光流场矩阵；判断有无浮游生物的步骤：根据在两个连续帧中浮游生物在空间中不重合，浮游生物所在空间位置的时间梯度在连续两个光流场中数值互为相反数，浮游生物所在空间位置的横向梯度在连续两个光流场中数值相等且方向一致，和浮游生物所在空间位置的纵向梯度在连续两个光流场中数值相等且方向一致来判断有无浮游生物；计算有浮游生物的图像区域的连通域的数量，即为浮游生物的数量。