本发明提供了一种马达瞬态失真测量方法及系统，包括：设定马达的输入电压，利用所述输入电压生成同步扫频信号；利用所述同步扫频信号对马达进行激励，采集所述同步扫频信号及所述马达在振动方向上的加速度参数；利用所述同步扫频信号及所述加速度参数确定系统的阶次脉冲响应，利用所述阶次脉冲响应及所述同步扫频信号得到所述系统的输出信号；根据所述输出信号及测量信号确定失真信号，利用所述失真信号得到平均瞬态失真信号。本发明通过在不同输入电压信号的情况下获取输入电压信号对应的失真信号，并通过建模的方式排除线性及非线性失真信号，以计算平均瞬态失真信号，可提高评估马达性能的准确度。