本实用新型属于海洋环境治理领域，公开了一种治理海洋赤潮生物排泄物的清理装置，包括两块固定板和箱体，固定板固定在船体上，箱体固定在两块固定板之上，箱体的顶部可拆卸的盖合有箱盖，箱盖的中央和箱体的底部均开设有管道接口，箱盖的管道接口连接有进水管，进水管的自由端连接有抽水泵，抽水泵固定在固定板上，箱体的管道接口连接有排水管；箱体内设置有滤网和清扫机构，滤网的横截面呈梯形，滤网用于过滤水中的海洋赤潮生物排泄物，清扫机构用于将滤网的上端面的海洋赤潮生物排泄物清扫至滤网两侧的斜端面处堆放。本装置避免了滤网堵塞影响装置的运转，提高了清理效率，减少了工作人员更换滤网的次数，节约了成本，减轻了工作量。