本实用新型属于海洋环境治理设备技术领域，尤其为一种治理海洋赤潮生物排泄物的清理装置，包括装置主体，所述装置主体的上端连接有进水管，所述进水管的一端连接有水泵，所述装置主体的侧面连接有第一驱动电机，所述装置主体的正面连接有第二驱动电机。本实用新型通过设置主动轮、从动轮、链条、伸缩杆、滑杆、刮板、第一驱动电机、挤压机构、第二驱动电机和挤压轴，清理装置内部刮板能够自动对过滤的排泄物进行刮除，避免过滤网表面出现堵塞的情况，便于装置内部的清理，提高装置对海洋赤潮排泄物的清理效率，同时清理后的排泄物中的含水量较低，装置的储存量增大，便于使用者的后续清理，使用效果较好。